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史料名 | 著編者 | 成立年代／略説明 | 刊行本 | 史料所蔵機関 |
| 妙貞問答 | ハビアン不干斎 | １６０５年（慶長１０）／宗教論。浄土宗の妙秀と切支丹の幽貞という二人の尼僧の問答という展開で、キリスト教の立場で仏教、儒教、神道を論じた書物。日本人が記した切支丹擁護の宗教論書では唯一のもの。ハビアンは後に棄教し、反キリスト教の論書「破堤宇子」を記した。 | 『日本思想大系』 | 天理図書館 |
| 破提宇子 | ハビアン不干斎 | １６２０年／キリスト教の教義や考え方を論破した書。ハビアンは元キリシタンで、転向した後は、キリシタン取締に協力した。 |
| 破邪顕正記 | 真迢 | １６３７年（寛永１４）日蓮教学を破摧した書 |
| 聖教要録 | 山鹿素行 | １６６５年（寛文５）／朱子学に対抗して古学を説いた書。 |
| 日本西教史 | ジャン・クラッセ | ／１６８９年、翻訳版１８８０年（明治１３）／イエズス会士クラッセの「日本教会史」を明治になって鮫島直信が持ち帰り、太政官が翻訳した。日本に関する内容と日本での布教及び迫害の歴史を記す。 | 『日本西教史』（博聞社、洛陽堂、太陽堂） | 吉田家など |
| 古今神学類編 | 真野時綱撰 | １６９６年（元禄９）／神道関係体系的百科事典 |
| 本朝高僧伝 | 卍元師蠻 | １７０２年（元禄１５）／僧伝集。卍元師蠻（まんげんしばん）は、臨済宗僧。「元亨釈書」を補う形で１６８２人の僧を載せている。総目、巻首、伝で構成される。全７５巻。 | 『大日本仏教全書』 | 内閣文庫、宮内庁書陵部、中山家など |
| 弁道 | 荻生徂徠 | １７１７年（享保２）／程朱末儒の学説を批判した論書。 |
| 高野春秋編年録 | 懐英 | １７１９年（享保４）／高野山の編年史書 |
| 日光山縁起（輪王寺所収） | 霊元天皇（詞書）狩野洞春（画） | １７２０年（享保５）撰／室町の縁起とは異なる内容。
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| 日本洞上聯燈録 | 嶺南秀恕 | １７４２年−刊行−／曹洞宗の７４３人の僧について記した僧伝で、史料を基にまとめられており、「考証」が加えられている。完成は１７２７年。嶺南秀恕は江戸青松寺の住職。 | 『大日本仏教全書』『曹洞宗全書』
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| 出定後語 | 富永仲基 | １７４４年（延享元）／仏教批判書 |
| 柳子新論 | 山県大弐 | １７６３年（宝暦１３）／大義名分論をもとに尊皇を唱え幕府を攻撃した書。 |
| 十善法語 | 慈雲飲光 | １７７５年／慈雲が後桃園天皇の母開明門院の要請をうけ阿弥陀寺で行った法話を自ら加筆し、文語体にあらためた書物。十善とは不殺生・不偸盗・不邪淫・不妄語・不悪口・不両舌・不綺語・無貪・無瞋・正見を指し、１０の「悪行を行わない」という意味。口語体には１８２４年（文政７）に開版。 | 『慈雲尊者全集』 |
| 南蛮寺興廃記 | 不詳不明 | ／いわゆる排耶書と呼ばれる反キリシタン書籍で「切支丹根元記」という書物の大略をのべたもの。内容はかなり不正確だが、大いに流布した。 | 『東洋文庫』
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| 古史成文 | 平田篤胤 | １８１１年（文化８）／平田神道学説の書。 | 『平田篤胤全集』『岩波文庫』『皇学叢書』 | 国立国会図書館など |