/etc/X11/XF86Config に以下の修正をします。
まず水平周波数を広げます。
追加する 1024x480 のエントリーは 47.8kHz なので 50 でもよいかも知れません。
HorizSync   30-64
次に 1024x480 のエントリーを作成します。
### 1024x480 ###
# 94.6Hz, 47.8kHz hsync  VESA
Modeline "1024x480"    65    1024 1056 1216 1360   480  480  492  505
SVGA デバイスセクションを変更します。
VRAM やビデオチップは自動認識されるはずです。
# Standard SVGA Device:
Section "Device"
    Identifier  "Generic SVGA"
    Option "override_validate_mode"
EndSection
スクリーンセクションを 1024x480 で 24 ビットカラーに変更します。
Section "Screen"
    Driver      "svga"
    Device      "Generic SVGA"
    Monitor     "My Monitor"
    #DefaultColorDepth 16
    Subsection "Display"
        Depth       24 
        Modes       "1024x480"
        ViewPort    0 0
    EndSubsection
EndSection