[Q]
ディスプレイ上で X の画面がずれて表示されるのですがどのように設定すれば良いでしょうか

[A]
モニターの方で調整できるようなら、 そちらで変更するのがお勧めですが、 xvidtune を使って希望する表示を実現できる、 XF86Config file のモードライン行の設定値を見付けることができると思います。

# XF86Setup でも xvidtune は使われてますね。

まず、kterm から xvidtune を起動し、 show ボタンを押すと、
Vendor: Unknown, Model: Unknown
Num hsync: 1, Num vsync: 1
hsync range 0:  24.79 -  92.00
vsync range 0:  50.00 - 160.00
"1024x768"    115.50   1024 1056 1248 1440    768  771  781  802 -hsync -vsync
というようなメッセージが kterm 上に表示されると思います。
これが現在使用している設定値を表しており、 今回は最後の "1024x.... という行だけに注目して下さい 。

xvidtune の画面中程には Left, Right, Wider, Narrower, up, down, Shorter, Taller と書かれたボタン(枠)がありますので、 画面全体を左に動かしたかったら Left を、 上に動かしたかったら up を、 という具合にして調整を行ってみて下さい。
希望の状態になったら、 もう1度 show ボタンを押してみて下さい。
この時 kterm 上に出てく "1024x... という数値の部分が始めの時とは違った値になっていると思います。
XF86Config file の該当部分をこの新しい値変えれば、 次回からこの新しい設定が有効になりますので、 /etc/X11/XF86Config の Monitor セクションの Modeline 行の中で始めに表示された行を見付け、 変更後の数値になるように置き換えれば O.K. です。

注意点として、 変更後の Horizontal Sync, Vertical Sync の値が使用しているディスプレイの周波数を越えないように気をつけてください。



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